O procedimento é realizado acessando o módulo de inutilização no retaguarda que fica em:

Fiscal -> Movimentação -> Inutilização de NFC-e / NF-e / CT-e

Com a tela aberta os seguintes campos serão preenchidos:

• Modelo do documento fiscal: Informa qual o modelo que a contabilidad informou que estava com a numeração faltante. Pode ser um modelo de NFC-e, de NF-e ou de CT-e. Isso estará detalhado no documento que a contabilidade encaminhar
  
  
• Numeração inicial e final: Numeração informada pela contabilidade a ser intuilizada. Pode ser uma sequência de notas, ou pode ser uma nota só. No caso de ser uma nota apenas, a numeração inicial será repetida na numeração final
  
  
• Observação: Observação a ser colocada para aquela inutilização.

Depois de ter preenchido todos os campos, com tudo conferido, é só clicar no botão "Inutilizar" e verificar qual a mensagem que aparece. Existem 2 possibilidades para a resposta da SEFAZ para a intuilização. Abaixo estão as possibilidades:

• Código 102: Inutilização de número homologado - Significa que a inutilização ocorreu
  
  
• Rejeição (241): Um número da faixa já foi utilizado - Significa que existe uma nota com essa numeração que tentou ser inutilizada. Ou ela está confirmada, cancelada, ou denegada.

Logo abaixo está um anexo com exemplo de preenchimento: